SCHRODINGER.SUITES.2021.2.LNX.WIN.ISO-TEL
Eroberung von Arzneimittelforschung, Materialforschung und Molekularmodellierung
Die Schrödinger Suite ist ein umfangreiches Programmpaket für Quantenchemie, und Molekularmechanik. Auf von einer gemeinsamen grafischen Oberfläche „Maestro“, die frei verfügbar ist, können komplexe Moleküle konstruiert und dann mit den kommerziellen Schrödinger-Modulen wie z.B. „Jaguar“ und „Macromodel“ bezüglich ihrer chemischen und physikalischen Eigenschaften untersucht werden.
Die Schrödinger-Softwaresuite umfasst eine große Anzahl von Anwendungen für eine Vielzahl von Modellierungs-, Analyse- und Berechnungsaufgaben. Im Allgemeinen wird das Programm auf Ihrem lokalen Computer ausgeführt, und es gibt Installationsprogramme für Linux und Windows. Zusätzlich zur lokalen Ausführung können viele, wenn nicht sogar alle Programme auf dem Cluster ausgeführt werden, indem man die Dienstprogramme zur Auftragsübermittlung innerhalb der Suite verwendet.
Eigenschaften und Merkmale der Schrödinger Suites Collection:
Modellierung von verschiedenen molekularen und chemischen Strukturen
Modellierung biologischer und biologischer Strukturen
Modellierung durch Skizzieren und grafisches Ändern von Werten in verschiedenen Fenstern
Grafische und einfache Anwendungsumgebung
Analyse und Bewertung des Verhaltens von Materialien unter variablen Umweltbedingungen, z.B. bei sehr niedrigen oder hohen Temperaturen
Untersuchung der Struktur von Materialien an Atomoberflächen
Fähigkeit, chemische Berechnungen an modellierten Strukturen durchzuführen
Möglichkeit der Materialanalyse und gute Quelle für die Entdeckung neuer chemischer Materialien und Strukturen
Geeignet für pharmazeutische Anwendungen
Anzeige von Daten und Zahlen in Tabellen und Diagrammen mit unterschiedlichen Farben
Biologics Suite
Umfassende Proteinmodellierung
Vollständiger Satz von Homologie-Modellierungswerkzeugen, einschließlich schneller und fortgeschrittener Methoden
Chimäre und multimere Modelle
Fortgeschrittene Sequenzwerkzeuge für das Multiple Alignment mit umfangreichen Annotationsoptionen
Qualitätsanalyse der Proteinstruktur
Identifizierung von Konsenselementen in strukturellen Familien/Homologen
Erweiterte Funktionen für das Protein-Engineering
Vorhersage von Proteinaggregation
Identifizierung von Hot Spots für Proteolyse, Glykosylierung, Deamidierung und Oxidation
Rückstandsbasierte Analyse von Energien, lösungsmittelbasierten Oberflächenbereichen und Hydropathie
Cystein-Scanning zur Identifizierung von Rückstandsmutationen für potenzielle Cystein-Cystein-Disulfidbindungen
Automatisiertes Scannen von Rückständen zur Vorhersage von relativen Stabilitäten sowie von Änderungen der für Lösungsmittel zugänglichen Oberfläche, pKa und Hydropathie
Modellierung von Antikörpern
Automatisierter intuitiver Arbeitsablauf
Vorhersage von CDR aus der Sequenz
Schnelle Vorhersage mit kuratierter Antikörperdatenbank
Erweiterte ab initio Schleifenvorhersage mit Prime
Datenbankmanagement-Tools für die einfache Einbindung neuer/eigener Strukturen und für die Verwendung mehrerer Datenbanken bei der Modellierung
Protein-Protein-Docking auf dem neuesten Stand der Technik
Gut validierter Docking-Code, PIPER; für weitere Informationen besuchen Sie bitte die PIPER-Website.
Spezielle Antikörper- und Multimermodi
Fortgeschrittene Simulationen
Zugang zu Schrödinger-Simulationswerkzeugen
Erweiterte Molekulardynamik (MD)
Umfangreiche FEP-Werkzeuge (Free Energy Perturbation)
Großmaßstäbliche, niedermolekulare (normale) Suche nach Domänenbewegungen
Quantenmechanik/Molekularmechanik (QM/MM) Vorhersagen der Reaktivität von Bindungsstellen
Small-Molecule Drug Discovery Suite
Breites Spektrum an virtuellen Screening-Optionen, die das gesamte Spektrum der Kompromisse zwischen Geschwindigkeit und Genauigkeit abdecken
2D/3D QSAR mit einer großen Auswahl an Fingerprint-Optionen
Formbasiertes Screening, mit oder ohne Atomeigenschaften
Ligandenbasierte Pharmakophor-Modellierung
e-Pharmakophor-Modellierung unter Einbeziehung von Ligand-Rezeptor-Interaktionsenergien
Flexibles Liganden-Docking mit dem branchenführenden Glide
SIFt - Struktur-Interaktions-Fingerprint-Analyse
Induced-fit docking mit Rezeptorflexibilität
Kovalentes Docking
2D-Ligandenwechselwirkungsdiagramme
Fortgeschrittene Berechnungen zur Abschätzung der Bindungsaffinität und zur Rangordnung der Verbindung
Post-Docking-Verfeinerung einbeziehen
Primäre MM/GBSA
Theorie der Störung der freien Energie (FEP)
Lineare Wechselwirkungsannäherung (LIA)
QM-polarisiertes Liganden-Docking
Analysen zur Vorhersage, Vorbereitung, Verfeinerung und Charakterisierung von Zielstruktur und Bindungsmodi
Verfeinerung der Kristallstruktur von Proteinen
Proteinstrukturanalyse und Homologiemodellierung
Modellierung von GPCR und hERG
Identifizierung und Analyse von Proteinbindungsstellen
Vorhersage mehrerer Bindungsmodi
Komplettes Set von Dienstprogrammen zur Vorbereitung, Analyse und Filterung von Ligandenstrukturen und zur Erstellung und Gestaltung von Ligandenbibliotheken
Umwandlung von 2D- in 3D-Strukturen, mit Schwerpunkt auf bioaktiven Konformeren
Aufzählung und Analyse tautomerer Zustände
Ligandeninteraktionsdiagramm
Kommerziell verfügbare Verbindungsdatenbank
Flexible Ligandenüberlagerung
Kombinatorische Bibliothekserstellung
Kern-Hopping
Filtern von Substanzbibliotheken basierend auf vorhergesagten ADME-Eigenschaften
R-Gruppen-Analyse
Allgemeine Modellierungstools, die in einem breiten Spektrum chemischer Systeme angewendet werden können
Leistungsstarke QM-Berechnungen, in der Gasphase und in Lösung
MM/MD-Simulationen, mit impliziten oder expliziten Lösungsmitteln
Konformationsanalysen für kleine Moleküle und Makromoleküle
Mixed-Mode QM/MM Berechnungen für Grundzustands- und Reaktivitätsstudien
Umfassende Unterstützung durch modernste Visualisierungs- und Workflow-Automatisierungstools
Einheitliche grafische Benutzeroberfläche, Maestro, die alle Berechnungen unterstützt
Grafiken in Publikationsqualität und flexible Analysen
KNIME-Erweiterungen und anpassbare Arbeitsabläufe
Python-API
BETRIEBSSYSTEM:
LINUX
BETRIEBSSYSTEM:
WINDOWS
.TEL\VERLASSEN
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